全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。如何選型，才能獲得性能好的的菌落計數儀，并取得高性價比呢?這得從該類儀器的原理來解釋。
現今面市的所有全自動菌落計數儀均是采用成像分析法實現自動計數的，即由成像硬件+分析軟件所組成，這二塊內容的任何一塊上出現失分，都會嚴重影響計數分析結果的穩定性。
成像硬件的選型
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬件有拍照成像的、掃描成像的。由攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能確保在0.5秒內獲得菌落圖像。
由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。
然而，拍照成像的致命弱點是：成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，想要做到圖像中心與邊緣保持*一致，相對來說比較困難。從而引起平皿上亮度的不一致。針對環境光干擾成像方面，通過對儀器照明系統進行精密的設計，上下光源采用了寬光帶的LED柔光系統，并結合“懸浮式暗視野”成像系統，不僅能夠消除玻璃培養皿的折射光斑，而且通過改變光比，使得菌落表面的皺折、凹陷、邊緣的鋸齒更富立體感。
掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，從成像硬件的上解決了菌落目標的亮度不勻問題，但掃描只是平面的效果，不能展現培養基表層和深層的細微菌落，且不能展現菌落顏色等多方面的情況，對于觀察分析而言構成了一定難度。
隨著科技發展，高清晰的CMOS、CCD的涌現加上高清晰的鏡頭，對菌落色彩的還原性、清晰度等都很高，能夠解決某些復雜菌落計數問題。對于這類的產品越來越受到科研單位、檢測部門、大專院校等的喜愛。
分析軟件的選型
分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對于各類成像干擾的自動排出能力。比如：是否能自動矯正背景，等等。
另外，對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標。尤其是：對于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計數能力，以及對于菌落計數分類的自動識別學習能力，更是評價分析軟件的關鍵考量指標。
現在比較好的分析軟件，具有圖像處理、圖像編輯、統計功能、測量功能、數據庫管理、以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能、多培養皿統計、螺旋平皿統計等一系列功能。
